Posicionar ModalPopupExtender desde Javascript

Para realizar esto primero tendremos que asignar un manejador al evento Show del control Modal :

function pageLoad() {        
$find('<%= ModalPopupPermisosSinGrid.ClientID  %>').add_showing(onshowing);
}

Una vez hemos capturado el evento Show, definimos la posición de la ventana modal. En este caso la posición depende del tamaño de la pantalla.

function onshowing() {          
var alto = screen.height;
var posicion_Y = alto / 20;        
//seria el mismo funcionamiento para la cordenado X 
$find('<%= ModalPopupPermisosSinGrid.ClientID  %>').set_Y(posicion_Y);
}